Les principales indications de la greffe de cornée concernent d’abord certaines pathologies fréquentes, telles que le kératocône, la dystrophie de Fuchs et la kératopathie bulleuse du pseudophake ou de l’aphake.
D’autres situations peuvent également justifier une greffe. Il s’agit notamment des séquelles de kératite herpétique, des taies cornéennes cicatricielles consécutives à un abcès infectieux, des cicatrices de plaies cornéennes post-traumatiques, ou encore de la nécessité d’une regreffe après décompensation d’un ancien greffon. On peut aussi citer la dystrophie stromale de la cornée, la dégénérescence marginale pellucide, certaines déformations cornéennes survenues après une chirurgie réfractive, ainsi que le ptérygion.
Enfin, certaines anomalies congénitales de la cornée, de même que la réalisation d’une greffe « bouchon » dans le cadre d’un ulcère ou d’une perforation cornéenne, peuvent constituer une indication.

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